يعدّ مجلس أمناء المؤسسة الهيئة العليا في نظام الحاكمية، ولديه المسؤولية الكاملة عن تحديد سياسات المؤسسة واستراتيجياتها، والإشراف على برامجها وأنشطتها، ورصد الأوضاع القانونية والمالية للمؤسسة وتقييمها، فضلاً عن توفير الموارد اللازمة لاستدامتها وتطورها.
وكان المجلس قرّر إعادة ترتيب هيكليته بحيث يتوسع نطاق عضويته ليشمل متخصصين مستقلين ومهنيين، حيث انضمت ناديا حجاب إلى المجلس كأول عضو من خارج عائلة القطان في حزيران 2012، تبعه انضمام عبلة معايعة في حزيران 2014، وانضم للمجلس أيضاً كل من د. خليل الهندي في العام 2016، ورائف زريق في العام 2017، ومن المتوقّع أنْ يستمر توسيع عضوية المجلس ليضم أعضاء جدداً في المستقبل القريب.
ويعتبر المدير العام هو المسؤول الأول عن إدارة المؤسسة، والمكلف بالاتصال الرئيسي مع مجلس الأمناء، وتجري المؤسسة مشاوراتها بشأن السياسات والإستراتيجيات وخطط العمل من خلال هيئة المديرين.
تعتمد المؤسسة الجدارة والتميز أساساً لسياستها في التوظيف، وتولي اهتماماً خاصاً بمراعاة التنوع في طاقمها، وترفض كافة أشكال التحيز الجندري، أو العرقي، أو الطائفي، أو السياسي. ويعمل في المؤسسة أكثر من 90 موظفاً وموظفة موزعين على مكاتبها في رام الله وغزة ولندن وبيروت، وتشكل الموظفات ما نسبته 47% من إجمالي الموارد البشرية.