يعدّ مجلس أمناء المؤسسة الهيئة العليا في نظام الحاكمية، ولديه المسؤولية الكاملة عن تحديد سياسات المؤسسة واستراتيجياتها، والإشراف على برامجها وأنشطتها، ورصد الأوضاع القانونية والمالية للمؤسسة وتقييمها، فضلاً عن توفير الموارد اللازمة لاستدامتها وتطورها. فيما يعتبر المدير العام هو المسؤول الأول عن إدارة المؤسسة، والمكلف بالاتصال الرئيسي مع مجلس الأمناء، وتجري المؤسسة مشاوراتها بشأن السياسات والاستراتيجيات وخطط العمل من خلال لجنة إدارة عليا.
تشكل مجلس الأمناء في السنوات الأولى من أفراد من عائلة القطان حصراً، حتى منتصف العام 2012، حيث تمت إعادة ترتيب هيكليته وتوسيع نطاق عضويته ليشمل متخصصين مستقلين ومهنيين.
